El órgano de este templo fue construido por Orestes Carlini a principios de siglo XX. Perteneció al antiguo Seminario de Concepción. El 21 de mayo de 1960 un fuerte terremoto asoló la ciudad causando grandes daños en la capilla del Seminario. En el verano de 1961, un grupo de alumnos, guiados por el padre Enrique León, administrador de bienes del arzobispado y canonico de la catedral,   trasladó el instrumento a su actual emplazamiento siendo arzobispo monseñor Alfredo Silva Santiago.

La restauración de este instrumento fue un proyecto acariciado por varios años. Una gran cantidad de intervenciones desacertadas, sin atención al hacer organero profesional habían mermado su capacidad dejándolo con una operatividad de un 30%.

Los problemas mayores se referían principalmente a reparaciones con materiales espurios tales como cinta de embalaje, agorex, cuero sintético y bolsas plásticas.

La tubería presentaba abolladuras de consideración así como cortes y roturas de las entallas de afinación. La armonización era estridente, con completo desapego al espíritu sinfónico del instrumento.

La neumática de la consola presentaba muchas fallas relacionadas con fatiga de material.

El instrumento había estado expuesto a humedad lo que ocasionó que varias tapas del secreto presentaran arqueamiento imposibilitando el sellado de los registros

Luego de once meses de trabajo se restauró completamente la neumática, los secretos, la tubería, fuelle y las decoraciones en pan de oro.

La disposición del instrumento es la siguiente:

 

Manual I	Manual II	Pedal
Bourdon 16’	Violon Principal 8’	Subass 16’
Montre 8’	Cor de Nuit 8’	Violoncello 8’
Salicional 8’	Vox celeste 8’
Flute armonique 8’	Viola gamba 8’
Prestant 4’	Flute octaviante 4’
Mixtur 2’ III hil.	Basson-hautbois 8’
	Trompette 8’